24 Temmuz 2025 Perşembe

Azman karadeliklerin daha da azmanı bulundu. "Evrenin ilk dönemlerinde süper kütleli kara deliklerin nasıl bu kadar kısa sürede oluşabildiğine ve Webb Uzay Teleskobu, erken evrenin mevcut modellerine uymayan, zamanın sınırında gizemli bir galaksiyw dair "üçüncü bir teori olabilir.

ShiningScience.13 Ağustos 2025

S5 0014+81, Güneş sistemimizin tamamına kıyasla bilinen en büyük süper kütleli kara delik

Azman karadeliklerin daha da azmanı bulundu. Bu karadelik ve benzerleri potansiyel yeni bir Evren yaratıcısı olabilir.Dev bir karadelik içinde yaşadığımıza öne süren James webb bulgularına dayanan görüşler var...

İkiz asimetrik Evrenler ve ortalarında süper limit büyüklükte özel bir karadelik.Evrenler karadelik çevresinde dönüyor olabilir.

Doğada ve Evrenimizde oldukça fazla "ikili oluşumlar " gözlemleniyor.Ben bu olguyu "ZIT YÖNLÜ ASİMETRİK İKİLİLİK KANUNU"olarak ileri sürüyorum.Evrenimizinde bir ikizi olabilir.Evrendeki hemen hemen herşey ,kendi etrafında ve yıldızının ,galaksisinin etrafında dönüyor.Evrenimizde bir ikizi olabilir. ikiz Evrenler tam simetrik değildir ve inanılmaz büyüklükte bir karadelik çevresinde dönüyor olabilir. Big-bang iki zıt yönlü azman karadeliğin çarpışıp birleşmesiyle oluştuysa,oluşan ikiz yeni Evrenlerin Erken ilk başlangıç dönemleri gözlemlenemez sanırım çünkü ışık yoktur ve inanılmaz büyüklükte Enerji ve materyel vardır ve yeni Evrenlerin oluşumu için yeterli olmalı.Sonsuz dereceye yakın büyüklükteki bir Enerjinin olduğu yerde ışık hızı limiti dahil biline fizik kanunları geçersiz olmalı. Erken Evrende ,Bıg-BANG ten sonraki 0-500 milyon sonrası bu gözlemle zorluğu bu nedenlerden biri olabilir.

Olası en büyük karadelik

Astronomlar, Dünya’dan 5,6 milyar ışık yılı uzaklıktaki Kozmik At Nalı Galaksisi’nde Güneş’in kütlesinin 36 milyar katına sahip dev bir kara delik keşfetti. Bilim insanlarına göre bu kozmik dev, evrendeki kara delik boyutlarının teorik sınırlarını zorluyor.

EVREN ANLAYIŞINI DEĞİŞTİRECEK BİR KEŞİF

Bilim insanları, bu büyüklükteki bir kara deliğin evrenin oluşumu ve galaksilerin evrimi hakkındaki mevcut teorileri yeniden şekillendirebileceğini vurguluyor. Keşif, kara deliklerin ne kadar büyük olabileceği konusundaki bilimsel sınırları sorgulatırken, evrenin derinliklerine dair yeni sorular ortaya çıkarıyor.(haberler 10 ağustos 2025.)

Karadelik büyüklüğünün üst sınırı ve bir limit büyüklüğü olmalı. Limit sınır aşıldığında oluşacak patlama(big-bang)veya zıt yönlü bir başka büyük karadelikle çarpışma olduğunda açığa çıkan enerji ve materyal yeni bir Evren oluşturabilir sanırım.

Webb Uzay Teleskobu, erken evrenin mevcut modellerine uymayan, zamanın sınırında gizemli bir galaksi tespit etti.25 temmuz 2025(Webb Space Telescope has spotted a mysterious galaxy at the edge of time that doesn't fit any current model of early universe.).Evrenin oluşumu ile bilgilerimizin yanıltıcı olduğunu yıllar öncesi defalarca yazmıştı

Evrenin ilk bir milyar yılında parlayan yüzlerce nesne, kara deliklerin gücüyle çalışan parlayan gaz topları olabilir. NASA; ESA; CSA; STScI; Dale Kocevski/Colby College .Temmuz 30,2025 Science adviser.

" Gökbilimciler, NASA'nın James Webb Uzay Teleskobu (JWST) uzay gözlemevinin 3 yıl önce erken evreni gözlemlemeye başlamasından bu yana kafalarını kurcalayan soruya bir cevap bulmaya yaklaşıyor olabilirler: Tüm bu küçük kırmızı noktalar nedir? Her zaman kırmızımsı bir tona sahip olan bu yüzlerce ışık noktası, daha önce gördükleri hiçbir şeye benzemiyor.

JWST herhangi bir şekli ayırt edemediği için, küçük olmaları gerekiyordu; Samanyolu'nun çapının en fazla %2'si kadar. Bu kadar parlak ve böylesine küçük bir alana sıkışmış bir galaksi, sürekli birbirleriyle çarpışacak kadar çok yıldızla dolu olurdu. Belki de bunlar, yakınlardaki maddeleri mideye indiren ve besinleri tüketilirken parlak bir şekilde parlamasına neden olan süper kütleli kara deliklerdir. Ancak bu tür aktif kara delikler her zaman X ışınlarında parlak bir şekilde parlar ve küçük kırmızı noktalar hiçbir şey üretmez. Üstelik aktif kara delikler kırmızı değil... ama tozla örtülü olsalardı, yani X-ışınlarını ve morötesi ışığı emip daha uzun, daha kırmızı dalga boylarında tekrar yayabilselerdi kırmızı olabilirlerdi. Ancak JWST'nin orta kızılötesi cihazı ve yer tabanlı radyo teleskopları kullanılarak yapılan son gözlemler bunu da çürüttü: küçük kırmızı noktalardan uzun dalga boyu emisyonları yok.

Bilinen tüm açıklamaları tüketen gökbilimciler, yeni bir şey uydurmak zorunda kalıyor. En iyi tahminleri, noktaların, merkezinde aktif bir kara delik bulunan, güneş sistemimizden daha büyük bir yıldız gibi, sıcak ve yoğun gazdan oluşan dev toplar olduğu yönünde. Bu dev, nükleer füzyonla güçlenmek yerine, yıldızı içeriden yerken kara deliğin etrafından yayılan radyasyonla çalışıyor.

Gökbilimciler şimdi gökyüzünü (ve arşivleri) Dünya'ya daha yakın küçük kırmızı noktalar için tarıyor, böylece teleskoplar bu ilginç nesneleri daha iyi inceleyebiliyor. Astrofizikçi Jenny Greene, gizemi çözmeye çalışmanın "kariyerim boyunca yaşadığım en eğlenceli şey" olduğunu söylüyor. "Science adviser

Resimdeki küçük kırmızı noktalar büyük patlamadan etkilenmeyen eski Evrendeki karadeliklerden kalanlar olabilir ve yeni evreni veya Evrenimizi inşa etmeye başlamışlar sanırım.Çoklu Evrenler olasılığını destekler nitelikte gibi.E.S

----------------------------------------------------------------------------------------------------

"Evrenin uzak bir noktasında sıra dışı bir galaksinin merkezinde yeni oluşmuş süper kütleli bir kara delik keşfedildi. Bu bulgu, kara deliklerin erken evrende nasıl bu kadar hızlı oluştuğuna dair mevcut teorilere yeni bir bakış sunuyor.

Bilim insanları, iki galaksinin çarpışmasıyla oluşan ve “Sonsuzluk Galaksisi” adı verilen sıra dışı bir yapının tam merkezinde yeni doğmuş bir süper kütleli kara delik keşfetti. Bu çarpıcı bulgu, evrenin erken dönemlerindeki kara delik oluşum süreçlerine dair mevcut teorileri sorgulatacak nitelikte.

Yale Üniversitesi’nden Prof. Pieter van Dokkum liderliğindeki araştırma ekibi, evrenin uzak bir köşesinde yer alan bu galaksideki gözlemleriyle dikkat çekti. Van Dokkum, “Bu, elimizdeki en güçlü kanıt” diyerek keşfin önemine dikkat çekerken, kara deliğin doğrudan gözlemlenmiş olabileceğini belirtti.

Söz konusu galaksi, iki ayrı disk galaksinin çarpışmasıyla oluşmuş ve bu birleşme sonucunda sonsuzluk sembolünü andıran benzersiz bir şekil kazanmış durumda. Ancak bilim insanlarını asıl şaşırtan, bu yapının tam ortasında, iki galaktik çekirdeğin dışında yer alan süper kütleli bir kara deliğin bulunması. Bu olağandışı konumlanma, mevcut kara delik modellerine meydan okuyan bir durumu işaret ediyor.

Keşif, NASA’nın James Webb Uzay Teleskobu öncülüğünde yürütülen COSMOS-Web araştırması sırasında elde edilen yüksek çözünürlüklü görüntüler sayesinde mümkün oldu. Ayrıca W. M. Keck Gözlemevi, Chandra X-ışını Gözlemevi ve Ulusal Radyo Astronomi Gözlemevi'ne ait arşiv verileri de analiz sürecine katkı sağladı.

Bilim insanları, keşfedilen kara deliğin yaklaşık 1 milyon Güneş kütlesine eşdeğer olduğunu, bunun da Dünya’nın 300 milyar katı bir kütleye denk geldiğini belirtiyor.

Bu olağanüstü gözlemevrenin ilk dönemlerinde süper kütleli kara deliklerin nasıl bu kadar kısa sürede oluşabildiğine dair soruları yeniden gündeme getiriyor. Bilim camiasında bu konuda öne çıkan iki temel teori bulunuyor:

Hafif tohum teorisi: Bu modele göre kara delikler, yıldızların çökmesiyle oluşan küçük yapılar olarak başlar ve zaman içinde birleşerek büyürler. Ancak bu sürecin uzun zaman aldığı düşünülüyor.

Ağır tohum teorisi: Bu teori ise bazı dev gaz bulutlarının doğrudan çökerek çok büyük kara deliklere dönüştüğünü savunuyor. Bu model, hızlı büyüme için daha uygun bir açıklama sunuyor.
Yeni keşif, bu iki teoriye dair ipuçları barındırırken, kara deliklerin evrimsel sürecine dair ezberleri bozacak yeni araştırmaların da kapısını aralıyor."24 temmuz 2025 haberler.

Üçüncü bir teorim var;karadelikler büyük parlama öncesinded de oradaydılar.Büyük olan karadelikler Bing-Bang ten etkilenmemiş ve yeni oluşan Evren içinde kalarak galaksileri meydana getirmiş olmalı

Etiketler: "Evrenin ilk dönemlerinde süper kütleli kara deliklerin nasıl bu kadar kısa sürede oluşabildiğine dair "üçüncü bir teori olabilir.

19 Temmuz 2025 Cumartesi

James Webb'in çığır açan verileri, kozmos anlayışımızda büyük bir boşluk olduğunu doğruluyor ve bilinmeyen fiziğin varlığını ortaya koyuyor.

James Webb'in çığır açan verileri, kozmos anlayışımızda büyük bir boşluk olduğunu doğruluyor ve bilinmeyen fiziğin varlığını ortaya koyuyor. Zıt yönlü ve yüklü hafif asimetrik ikililik bir doğa ve Evren kanunu"olmalı.

James Webb teleskobu evreni anlamamızda ciddi bir sorun olduğunu doğruluyor.

Kozmolojinin kalbindeki büyük bir gizem daha da derinleşti. NASA'nın James Webb ve Hubble uzay teleskopları, ortak bir çalışmayla, evrenin genişleme hızındaki kafa karıştırıcı bir tutarsızlığı, yani Hubble Gerilimi'ni doğruladı.

Erken evrenden gelen kozmik mikrodalga arka planına dayanan bir yöntem daha yavaş bir genişleme öngörürken, günümüzdeki yıldızların ve galaksilerin doğrudan gözlemlerine dayanan başka bir yöntem çok daha hızlı bir oran ortaya koyuyor.

En önemlisi, 130 milyon ışık yılı uzaklıktaki galaksilerde 1.000'den fazla Cepheid yıldızının yeni gözlemleri, bu tutarsızlığın hatalı ölçümlerden değil, evren modellerimizdeki gerçek bir tutarsızlıktan kaynaklandığını doğruluyor.

Bu kozmik bilmece, fiziğin temel bir yönünü sorguluyor: Kozmosu yöneten kuralların zaman içinde sabit kalması gerektiği. Hubble Gerilimi gözlemsel hatayla açıklanamıyorsa, karanlık enerjideki değişimler, yeni madde formları veya hatta Einstein'ın yerçekimi teorisinde değişiklikler gibi tamamen yeni bir fiziğe ihtiyaç duyulduğuna işaret ediyor olabilir. Şimdilik bilim insanları derin bir çıkarımla boğuşuyor: Evren, anladığımızı sandığımız kurallara göre hareket etmiyor olabilir.

Kaynak: Riess, A.G. ve ark. (2024). "Hubble Uzay Teleskobu ve James Webb Uzay Teleskobu'ndan Hassas Bir Hubble Sabiti Ölçümü." Astrophysical Journal Letters.

Süper azman karadelik oluşumu.

Bu resim Evren içinde evrenlerin şematik bir resmide olabilir sanıyorum. Halkaların tam ortasından bir çizgi çizdiğimizde;zıt yönlü ,asimetrik ikili Evrenler modeli oluşturabilir.

"Zıt yönlü ve yüklü hafif asimetrik ikililik bir doğa ve Evren kanunu" olabilir

Çoklu Evrenler ,Evrenin oluşumu ve ışık hızı ile ilgili aşağıdaki makalelerde hep bilinmeyen bir fizik kanunları olabileceğini savunmuştum. Bilinmeyen fizik ve Evren içinde evrenler oluşumunun en önemli

oyuncusu devasa karadelikler olmalı.Karadeliklerin defalarca birleşmesiyle oluşmuş limit kütlesel büyüklük sınırına ulaşmış azman karadeliklerin patlaması veya zıt yönde dönen iki azman karadeliğin çarpışması ile yeni bir Evren oluşabilir kanısındayım.Işık hızı limitinin aşılmasında karadelikler rol alıyor olabilirler.

İki beyaz cücenin çarpışmasıyla oluşan resimdeki süpernova devasa boyutlara ulaşmış. Zıt yönlü ve yüklü asimetrik süper azman iki karadelik çarpışırsa ,yeni bir Evren için her türlü materyel veya Enerji ortaya çıkmış olmalıdır.

Bilim İnsanları Erken Evrende "Aşırı Büyümüş" Bir Kara Delik Keşfetti(Black hole @konstructivizm) Temmuz 7,2025.

"Webb Uzay Teleskobu, Büyük Patlama'dan sadece 800 milyon yıl sonra, yaklaşık 400 milyon güneş kütlesine sahip bir kara delik keşfetti. Bu cisim, kütlesinin içinde bulunduğu galaksinin kütlesinin %40'ı olması bakımından benzersizdir. Buna karşılık, yerel Evren'deki kara delikler genellikle ev sahibi galaksilerinin kütlesinin %0,1'ini aşmaz.

Devasa boyutuna rağmen, kara delik çevresindeki gazı son derece düşük bir oranda, teorik maksimum değerden 100 kat daha düşük bir oranda tüketir ve esasen "uykuda" durumdadır.

Bilim insanları, bu tür kara deliklerin, Eddington sınırını geçici olarak aştıktan sonra uzun süreli bir dinlenme durumuna geçtikleri kısa süreli ultra hızlı büyümeler sonucunda oluştuğuna inanıyor.

Bu keşif, madde birikiminin istikrarlı bir süreç olduğunu varsayan standart modellere meydan okuyor."

Devasa karadeliğin büyük-patlamadan öncede orada olduğunu düşünüyorum. Büyük patlama etkisinden kendini korumuş ve Evrenimizin oluşumuna katkı sağlamaya başlamış olabilir.

Etiketler: James Webb'in çığır açan verileri, kozmos anlayışımızda büyük bir boşluk olduğunu doğruluyor ve bilinmeyen fiziğin varlığını ortaya koyuyor.

22 Mayıs 2025 Perşembe

Büyük patlamadan 280 ve 300 milyon yıl gibi kısa sürede nasıl gelişmiş galaksiler oluşabilir.Bilinen en uzak galaksi olan MoM-z14 ve JADES-GS-z14-0'da oksijen tespit edildi

Büyük patlamadan 280 ve 300 milyon yıl gibi kısa sürede nasıl gelişmiş galaksiler oluşabilir?Bilinen en uzak galaksi olan JADES-GS-z14-0'da oksijen tespit edildi.

Bilinen en uzak galaksi olan JADES-GS-z14-0'da oksijen tespit edildi. Dahası, big-bang ten 280 milyon yıl sonra oluşmuş MoM-z14 galaksisi gözlemlendi.

Büyük patlamadan280 ve 300 milyon yıl gibi kısa sürede nasıl gelişmiş bir galaksiler oluşabilir?

Bence yanıt çok basit;büyük patlama önceside orada olmalı.Büyük patlama iki azman ve son derece yoğun karadeliklerin çarpışmasıyla oluşabilir.Patlamadan etkilenmeyen veya kısmen etkilenen karadelikler ve galaksiler Evrenimizi meydana getirmiş olmalı sanıyorum.Eski evren artık evrenimizin komşusu olmuştur.Çoklu Evrenler olasılığı gittikçe artıyor gibi.Aşağıda erken evrende keşfedilen en yaşlı galaksilerle ilgili yayınlanan bulgular vardır.

MoM-z14 şimdilik en yaşlı erken Evren galaksi. (Erika@ExploreCosmos_)

JWST, Büyük Patlama'dan sadece 280 milyon yıl sonraya tarihlenen MoM-z14 adlı şimdiye kadar gözlemlenen en uzak galaksiyi tanımladı. Bu keşif, erken evren anlayışımızın sınırlarını zorluyor ve mevcut galaksi oluşumu teorilerine meydan okuyor.

Rekor Kıran Mesafe: MoM-z14, z = 14,44'lük bir kırmızıya kayma sergiliyor ve Büyük Patlama'dan 290 milyon yıl sonra gözlemlenen ve 14,32'lik bir kırmızıya kaymaya sahip olan önceki rekor sahibi JADES-GS-z14-0'ı geride bırakıyor.

Beklenmeyen Parlaklık: Önceki beklentilerin aksine, JWST, z = 10'dan daha büyük kırmızıya kaymalara sahip şaşırtıcı sayıda parlak galaksiyi ortaya çıkardı ve bu tür parlak galaksilerin daha önce düşünülenden daha erken evrende daha yaygın olduğunu gösteriyor.

Yıldız Bileşimi: Spektroskopik analiz, MoM-z14'ün ışığının aktif bir galaktik çekirdekten ziyade ağırlıklı olarak yıldızlardan kaynaklandığını ortaya koyuyor. Kimyasal bileşimi, özellikle azot-karbon oranı, Samanyolu'ndaki eski küresel kümelerinkine benzemektedir ve benzer oluşum ortamlarını düşündürmektedir.

Bu çığır açan keşif, yalnızca bilinen en eski galaksi için yeni bir ölçüt belirlemekle kalmıyor, aynı zamanda evrenin bebeklik döneminde hüküm süren koşullar ve süreçler hakkında değerli içgörüler de sağlıyor.

https://arxiv.org/pdf/2505.11263

Bilinen en uzak galakside oksijen keşfedildi

JADES-GS-z14-0 ,büyük patlamadan daha yaşlı olabilir.Başka bir değişle,büyük patlama öncesinde de vardı ve büyük patlama sonrası oluşan Evrenimizin içinde kalmayı başarmış olmalı.Evrenimizden daha yaşlı ve daha önce oluşmuş bir karadeliğin meydana getirdiği galaksi olabilir.

ESO( Güney Avrupa gözlem Evi) nin bulgularıyla erken evrende oldukça gelişmiş bir diğer galaksi olduğu kanıtlanmış gibi.

İki farklı gökbilimci ekibi, bilinen en uzak galaksi olan JADES-GS-z14-0'da oksijen tespit etti. İki ayrı çalışmada bildirilen keşif, Avrupa Güney Gözlemevi'nin (ESO) ortak olduğu Atacama Büyük Milimetre/milimetre altı Dizisi (ALMA) sayesinde mümkün oldu. Bu rekor kıran tespit, gökbilimcilerin erken Evren'de galaksilerin ne kadar hızlı oluştuğunu yeniden düşünmelerine neden oluyor.ESO (GÜNEY AVRUPA GÖZLEM EVİ)20 Mart 2025

Geçtiğimiz yıl keşfedilen JADES-GS-z14-0, şimdiye kadar bulunan en uzak doğrulanmış galaksidir: o kadar uzaktadır ki, ışığının bize ulaşması 13,4 milyar yıl sürdü, yani Evren'in 300 milyon yaşından küçük olduğu zamanki halini görüyoruz, yani şu anki yaşının yaklaşık %2'si. Şili'nin Atacama Çölü'ndeki bir teleskop dizisi olan ALMA ile yapılan yeni oksijen tespiti , galaksinin beklenenden çok daha kimyasal olarak olgun olduğunu gösteriyor.

Hollanda'daki Leiden Gözlemevi'nde doktora adayı ve şu anda The Astrophysical Journal'da yayımlanmak üzere kabul edilen Hollanda liderliğindeki çalışmanın baş yazarı olan Sander Schouws, " Bu, yalnızca bebek bekleyeceğiniz bir yerde bir ergen bulmak gibi ," diyor . " Sonuçlar, galaksinin çok hızlı bir şekilde oluştuğunu ve aynı zamanda hızla olgunlaştığını gösteriyor ve galaksilerin oluşumunun beklenenden çok daha hızlı gerçekleştiğine dair giderek artan kanıtlara bir yenisini ekliyor ."

Galaksiler genellikle hayatlarına çoğunlukla hidrojen ve helyum gibi hafif elementlerden oluşan genç yıldızlarla başlarlar. Yıldızlar evrimleştikçe, öldükten sonra ev sahibi galaksilerine dağılan oksijen gibi daha ağır elementler yaratırlar. Araştırmacılar, 300 milyon yaşında olan Evrenin, ağır elementlerle olgunlaşmış galaksilere sahip olmak için hala çok genç olduğunu düşünmüşlerdi. Ancak, iki ALMA çalışması JADES-GS-z14-0'ın beklenenden yaklaşık 10 kat daha fazla ağır elemente sahip olduğunu gösteriyor.

İtalya'nın Pisa kentindeki Scuola Normale Superiore'den ve Astronomy & Astrophysics'te yayımlanmak üzere kabul edilen makalenin baş yazarı Stefano Carniani, " Beklenmedik sonuçlar karşısında şaşkına döndüm çünkü galaksi evriminin ilk evrelerine dair yeni bir bakış açısı açtılar " diyor. " Bir galaksinin bebek Evren'de zaten olgunlaşmış olduğuna dair kanıtlar, galaksilerin ne zaman ve nasıl oluştuğuna dair soruları gündeme getiriyor ."

Etiketler: Büyük patlamadan 300 milyon yıl gibi kısa sürede nasıl gelişmiş galaksler oluşabilir. Bilinen en uzak galaksiler MoM-z14 ve ayrıca JADES-GS-z14-0'da oksijen tespit edildi

19 Nisan 2025 Cumartesi

Transkripsiyonda timin yerine urasil kullanımı çok önemli ve gerekli olmalı.

Transkripsiyonda timin yerine urasil kullanımı çok önemli ve gerekli olabilir.

Ökaryotlarda DNA hücre çekirdeğindedir ve dış zararlı etkenlerden korunur. Prokaryotlarda hücre sitoplazmasında bulunur. Timin-Urasil değişiminin nedenlerinden biri DNA'nın çekirdekte kalması ve orijinal yapısını koruması olabilir. Ayrıca urasil, başlangıç ve bitiş kodonunun yapısında belirli bir konumda yer alarak protein sentezinde önemli bir rol oynar. Triptofan için özel kodon UGG'dir. İlk harfi U ve iki harfli purin (GG) ile benzersiz ve özel bir kodon yapısına sahiptir. UAA-UAG-UGA durdurma kodonlarıdır ve anti-kodonları yoktur. Durdurma kodonlarında purin ve pirimidin bazlarının lokalizasyonu dikkat çekicidir. Pirimidin olarak sadece urasil vardır ve durdurma kodonlarında her zaman ilk harf olarak bulunur ve diğer iki harf her zaman purindir. Eğer UAA-UAG-UGA durdurma kodonları antikodon olsaydı, AUU-AUC-ACU olmak zorunda kalırlardı. İlk harfi Adenin olan bir anti-kodon yoktur. Durdurma kodonları, alışılmadık moleküler kodon dizisi nedeniyle ribozomlar ve tRNA tarafından tanınmayabilir ve bu nedenle protein sentezi sonlandırılabilir.

mRNA kodonlarındaki Adenin ve Urasil pozisyonları, moleküler tanıma mekanizmasında özel bir öneme sahip olabilir. 5-floro urasil (5FU) kanser tedavisinde kullanılır. Urasil ve 5-Fu pirimidin analoğudur. Bu gerçek, urasil'in kanser tedavisindeki bir diğer önemini de gösterebilir.

Etiketler: transkripsiyonda timin yerine urasil kullanımı çok önemli ve gerekli olmalı.

14 Nisan 2025 Pazartesi

İnsan vücudundaki organ ve hücrelerin homokiral konumları. ( Homochirality in human body organs)

Homochirality in humans' body organs

İnsan vücudundaki organ ve hücrelerin bilateral homokiral konumları .(Bilateral homochiral positions of organs and cells in the human body.)

Canlılardaki her şey Sağ-elli DNA ve Sol-elli proteinler tarafından yapılmıştır. Şekildeki kırmızı oklar, vücut bölümlerinin Sağ ve Sol yarısındaki organların yönünü sembolize eder.
Sağ vucud yarısında tüm organlar sol yönlüdür. Sol vücut bölümünde ise Sağ -yönlü olmalıdır.
Sağ/Sol vücut bölümlerindeki tüm ikili organlar, tıpkı ellerimiz gibi homokiral asimetrik yapılar şeklindedir. Sağ/Sol vücut bölümlerinde birbirlerinin ayna görüntüsü olarak konumlanmışlardır fakat tam simetrik değildirler. Organların yönü ve konumu, bulundukları vücut bölümünün yönünün tersidir. Sağ böbrek Sol yönünü, Sol böbrek ise Sağ yönünü gösterir. Sağ/Sol vücut bölümlerindeki hücrelerin olası yönü de bu şekilde gösterilmiştir. Sağ beyin vücudun Sol yarısını, Sol beyin ise diğer yarısını kontrol eder. Bu konum düzeni, Sağ/Sol beyinler arasında bir polarite farkı yaratabilir ve beynin işlevini kolaylaştırabilir.
Sağ/sol vücut kısımlarındaki tüm genlerin ve L-amino asitlerin ters ayna görüntüsünde konumlanmış olması, birbirinin ayna görüntüsü şeklinde homokiral asimetrik bir vücut yapısı oluşmasını sağlar.. Çift yönlü zıt homokiral asimerik ikili yapı, gelişmiş yaşamın temel bir kuralı olabilir.

Everything in living things is made up of right-handed DNA and left-handed proteins. The red arrows in the figure symbolize the orientation of the organs on the right and left halves of the body.

In the right half, all organs are Left-handed. In the Left half, they must be Right-handed.

All paired organs in the Right/Left body halves are homochiral asymmetric structures, just like our hands. They are positioned as mirror images of each other on the Right/Left body halves, but they are not perfectly symmetrical. The orientation and position of the organs is opposite to the orientation of the body halves they are located in. The Right kidney points to the left, and the Left kidney points to the right. The possible orientation of the cells in the Right/left body halves is also shown in this figure. The Right brain controls the left half of the body, while the Left brain controls the other half. This positional arrangement can create a polarity difference between the right and left brain halves and facilitate brain function.

The mirror image orientation of all genes and L-amino acids in the Right/Left body parts creates a homochiral asymmetric body structure that is a mirror image of each other. The bilaterally opposite homochiral asymmetric binary structure may be a fundamental rule of advanced life.

Etiketler: İnsan vücudundaki organ ve hücrelerin homokiral konumları. (Homochirality in human body organs)

13 Nisan 2025 Pazar

Canlılarda Sağ- sol asimetrik vucut yapılanma mekanizması, R-DNA ve L-aminoasitler in homochirality

Canlılarda Sağ- sol asimetrik vucut yapılanma mekanizması, R-DNA ve L-aminoasitler in homochirality

Sağ ve sol vücut kısımlarındaki hücrelerde R-elli DNA ve L-elli amino asitlerin pozisyonları ve yönelimleri hakkında farklı bir bakış açısı ve canlıların sağ -sol vucut yarıları asimetrik yapılanması

Üç resimde aynı kişinindir.Ortadaki normal görünümdür.Diğer iki resim,yüz sol-sol ve sağ-sağ yarıları birleştirilerek yapılmıştır.Sol ve sağ yüzlerimiz sanki başka kişilerinmiş gibi farklıdır.Sadece genlerin dominant veya resesif olmasıyla bu asimetri açıklanamaz.Başka mekanizmalar olmalıdır.Vucudun sağ ve sol yarısındaki aynı genlerin farklı gen ekspresyonu bu tür bir asimetrik yapılanmayı açıklayabilir.Hayvanların ve insanların sağ ve sol vucud yarıları benzerdir fakat asimetriktir.

Sağ-sol yarı vucut asimerisi resimdeki kedide çarpıcı şekilde belirgindir.Tüm kedilerde aynı derece asimetri yoktur fakat hepsinin sağ ve sol vucut yarıları belirli ölçüde asimetriktir

Moleküllerin veya nesnelerin elli yapısı herhangi bir dış müdahale olmadan değiştirilemez, ancak yön pozisyonları değiştirilebilir. Sağ eldivenler veya eller her zaman R-ellidir, 180 derece döndürüldüğünde yön pozisyonları ters yönde değiştirilebilir.

R-elli DNA ve L-elli amino asitler, sağ-sol vücut kısımlarındaki hücrelerde birbirlerinin ters ayna görüntüsü pozisyonlarında olabilir. R-elli DNA ve L-elli amino asitlerin vücut hücrelerinin sağ ve sol kısımlarındaki ters ayna görüntüsü lokalizasyonu, R/L vücut homokiral asimetrik yapısının oluşturulmasını sağlayabilir. Bu model ayrıca, canlı yapıların protein sentezinde neden her zaman sol-elli amino asitlerin kullanıldığını da açıklayabilir.

1848'de Fransız kimyager Louis Pasteur, yaşam için gerekli olan bazı moleküllerin tıpkı L ve R ellerimiz gibi ayna görüntüsü formlarında bulunduğunu keşfetti. Bugün, biyolojinin bu "kiral" formlardan sadece birini seçtiğini biliyoruz: DNA, RNA ve bunların yapı taşları sağ elliyken, amino asitler ve proteinler sol ellidir. (1)

R el veya R eldiveni her zaman R elli olur ve yapısı ve elliliği değiştirilemez, ancak yön pozisyonları değiştirilebilir.

Kiraliteyi açıklarken, R/L ellerimizin kiral yapısı en sık kullanılan örneklerden biridir. Aynada, R elimizi L elimizmiş gibi görürüz, ancak gördüğümüz şey R elimizdir. R elimizin aynadaki yönü değişmiştir, ancak R ellilik değişemez. Moleküler kiralite ile çok hücreli kiralite arasındaki benzerlik en iyi R/L ellerimizle gösterilir.

Ellerimizi avuç içleri aşağı bakacak şekilde öne doğru uzatırsak, R el baş parmağı L yönünü, L baş parmağı ise R yönünü gösterir. Avuç içleri yukarı doğru açık olduğunda, R el baş parmağı R yönünü, L baş parmağı ise L yönünü gösterir. (Şekil 1) R/L el tercihi değişmez ancak yönler zıt yönde değişir. R elin palmar tarafı, baz çiftlerinin şeker-fosfat molekülleri tarafından oluşturulan DNA omurgasına bağlandığı lokalizasyona benzetilebilir. (Şekil 2)

Burada, canlılardaki zıt yönlü asimetrik homokiral yapılanmanın mekanizması açıklanmaya çalışılmıştır.

Şekil 1. Sağ/sol eller 180 derece döndüğünde yönler zıt yönde değişiyor ancak el kullanımı değişmiyor.

Şekil 2. R-el palmar tarafı ve R-El palmar tarafının ayna görüntüsü ters pozisyonu. R-el aynı düzlemde 180 derece döndüğünde, yönler değişti ancak R-ellilik değişemez.

Şekil 3. Bu şekilde tüm eller R elinin avuç içi tarafıdır. Şeklin tepesindeki iki el, Sağ/Sol(R/L) vücut parçalarındaki DNA'nın ters pozisyonunda ayna görüntüsünü işaret eder.Leader strand mavi,lagging strand ise kırmızıdır. R mavi el başparmağı ve L kırmızı el başparmağı, L/R vücut parçalarındaki iplik yönlerini işaret eder ve ipliklerin yön değişimini gösterir.

Vücut parçalarının R yarısındaki hücrelerdeki R DNA'sı dikey konumda 180 derece aşağıdan yukarıya döndürüldüğünde, R el kullanımı değişemez ancak yönsellik zıt yönde değiştirilebilir. DNA strandleri, DNA yapısında birbirlerinin ters ayna görüntüsü pozisyonlarında yer alır. DNA strandlerinin yönü de R/L vücut parçalarında zıt yönde değişmiştir. Leading strand, sağ vücut yarısında 5'-3' yönünde konumlandırılabilirse, sol vücut yarısında 3'-5' zıt yönündedir. Protein sentezinde tek bir strand kopyalanır. mRNA öncü iplikten transkribe edildiğinde, R/L gövde yarımlarında zıt yönde konumlandırılmalıdır.

R/L gövde yarımlarında DNA'nın ayna görüntüsü ters lokalizasyonu, R/L asimetrik ayna görüntüsü homokiral gövde yapılanması yaratabilir. Bu olgu, protein sentezinde her zaman L-elli amino asitlerin kullanılmasına bir açıklama sağlayabilir.

DNA ve genlerin R/L vücut parçası hücrelerindeki konumları ve yönleri

Bir molekülün iki olası konfigürasyonu arasında tek bir moleküler elliliğin seçilmesi veya homokiralite, tüm canlı maddelerde gözlemlenir ve yaşamın kökeninde bir gizemdir. (2)

Çoğu DNA çift sarmal sağ elli; yani, baş parmağınız yukarı bakacak ve parmaklarınız baş parmağınızın etrafında kıvrılmış şekilde sağ elinizi uzatırsanız, baş parmağınız sarmalın eksenini ve parmaklarınız şeker-fosfat omurgasını temsil eder. Sadece bir DNA türü, Z-DNA, sol elli. (3)

Hayvanlarda ve insanlarda bilateral homokiral asimetrik yapılanma

Birkaç teori önerilmiş olmasına rağmen, LR asimetrisinin altında yatan biyofiziksel mekanizmalar, özellikle hücre kiralitesinin, hücresel düzeyde LR asimetrisinin organ asimetrisi üzerindeki rolü hala belirsizdir. (4) Çok hücreli organizmalarda, şekil, boyut ve işlev gibi hücre özellikleri morfogenez ve fizyolojik işlevlerde önemlidir. Son zamanlarda, 'hücre kiralitesi', hayvanların vücutlarında asimetriye neden olabileceği için hücresel bir özellik olarak dikkat çekmiştir. (5)

Homokiral moleküller, canlıların yapılarında her zaman R-elli DNA ve L-elli amino asitler olarak tek elli bir formdadır.

Canlılardaki en önemli yapı taşları L-amino asitler ve proteinlerdir. Bunlar, vücudu DNA gen ifadesine göre oluştururlar. R/L-vücut parçalarının hücre çekirdeklerindeki DNA ve L-amino asitlerin konumu ve yönelimi, birbirlerinin ters ayna görüntüsü konumunda olabilir. (Şekil 3) DNA, R- gövde yarısında R-elli-R-yönlü ise, L- gövde yarısındaki 180 derecelik dönüş nedeniyle R-elli ve L-yönlü konumlandırılmış olabilir. Bu konum ve yönelimde, aynı gen ifadesi vücudun R/L gövde kısımlarında biraz farklı olabilir. Bu yönelim ve konum modeli, R/L asimetrik homokiral gövde yapısını oluşturabilir.

Şekil 4. İnsan vücudundaki organ ve hücrelerin bilateral homokiral konumları. Canlılardaki her şey R-elli DNA ve L-elli proteinler tarafından inşa edilmiştir. Kırmızı oklar, vücut parçalarının R-yarısındaki organların yönünü sembolize eder. Tüm organlar R-vücut parçasında R-elli - L-yönlüdür ve L-vücut parçasında L-elli ve R-yönlü olmalıdır.

R/L vücut parçalarındaki tüm ikili organlar, tıpkı ellerimiz gibi homokiral yapılar olmalıdır. R/L vücut parçalarında birbirlerinin ayna görüntüsü olarak konumlandırılmışlardır. Organların yönü ve konumu, bulundukları vücut parçası yönünün tersidir. R-böbrek L-yönüne, L-böbrek ise R-yönüne işaret eder. R/L vücut parçalarındaki hücrelerin olası yönü de bu şekilde gösterilmiştir. R-beyin vücudun L-yarısını kontrol ederken, L-beyin diğer tarafı kontrol eder. Bu konum düzeni R/L beyinler arasında bir kutupluluk farkı yaratabilir ve beynin işlevini kolaylaştırabilir. R/L vücut parçalarındaki tüm genlerin ve L-amino asitlerin ters ayna görüntüsü konumlandırması, birbirinin ayna görüntüsü olarak homokiral bir vücut yapısı yaratabilir. Çift yönlü zıt homokiral yapılandırma, gelişmiş canlılığın temel bir kuralı olabilir.

İnsan vücudu anatomik olarak vücudun sağ/sol yarısının tam orta hatta birleştiği bilateral bir yapı olarak görünür. Sağ/sol eller homokiral yapılardır ancak sağ/sol beyin yarımküreleri, gözler, akciğerler, böbrekler, testisler, yumurtalıklar ve ayaklar da homokiraldir. Sağ/sol vücut yarım parçaları tıpkı sol/sağ ellerimiz gibi birbirlerinin homokiral ayna görüntüleridir ancak tamamen simetrik değildir. Sağ/sol vücut parçalarındaki tek organlar hariç tüm hücreler, dokular ve organlar ellerimiz gibi birbirlerinin homokiral ayna görüntüsünde yapılandırılmış olmalıdır. Şekil 4. Karaciğer ve dalak gibi tek yapılı organlar için özel genler olabilir.

Dr.Engin sayın Bodrum

Etiketler: Canlılarda Sağ- sol asimetrik vucut yapılanma mekanizması, R-DNA ve L-aminoasitler in homochirality

31 Mart 2025 Pazartesi

The use of uracil instead of thymine in transcription may be especially important.

The use of uracil instead of thymine in transcription may be very important.

In eukaryotes, the DNA is in the cell nucleus and is protected from external harmful factors. In prokaryotes, it is found in cell cytoplasm. One of the reasons for the T-U change may be that the DNA remains in the nucleus and protects its original structure. In addition, uracil might be played an important function in protein synthesis by location in a specific position in the start and stop codon’s structure. The special codon for tryptophan is UGG. It has a unique and special codon structure with the first letter U and two letter purines (GG). UAA-UAG-UGA are stop codons and there are no anti-codons The localization of purine and pyrimidine bases in the stop codons is remarkable. There is only uracil as a pyrimidine, and it is always located as the first letter in stop codons and the other two letters are always purine. If stop codons UAA-UAG-UGA had anticodon, they would have to be AUU-AUC-ACU. There is no anti-codon whose first letter is Adenine. Stop codons may not be recognized by ribosomes and tRNA due to unusual molecular codon sequence and protein synthesis might be terminated for this reason.

Positions of Adenine and Uracil in mRNA codons may have special importance in the molecular recognition mechanism. 5-fluoro uracil (5FU) is used in cancer treatment. Uracil and 5-Fu is pyrimidine analogue. This fact may also indicate another importance of uracil in cancer treatment.

Dr.Engin sayin

Etiketler: The use of uracil instead of thymine in transcription may be very important.

27 Mart 2025 Perşembe

Mirror image reversed localization of DNA in the R/L body halves may create a R/L asymmetric mirror image homochiral body structuring Mechanisms of using L-handed amino acids and R-handed DNAs in protein synthesis and homochiral organism structuring and relation with transcription

The mirror image reversed localization of DNA in the R/L body halves may create a R/L asymmetric mirror image homochiral body structuring

Mechanisms of using L-handed amino acids and R-handed DNAs in protein synthesis and homochiral organism structuring and relation with transcription

All the hands are palmar side of the R- hand in this figure. The two hands at the top of the figure points mirror image in reversed position of DNA in R/L body parts. The leading strand is blue, and the lagging strand is red. R- blue hand thumb and L-red hand thumb point to strands directions in the L/R body parts and they show directional changing of the strands.

When the R- DNA in the cells on the R-half of the body parts is rotated 180 degrees down to up in vertical position, the R-handedness cannot change but the directionality can be changed in opposite direction. DNA strands are located reverse mirror-image positions of each other in DNA structure. Direction of the DNA strands has also changed in the opposite direction in the R/L body parts. If the leading strand may be positioned in the 5'-3' direction in the R- body half, it is in the 3'-5'opposite direction in the L- body half. A single strand is copied in protein synthesis. When the mRNA is transcribed from the leading strand, it must be oriented oppositely positioned in the R/L body halves.

The mirror image reversed localization of DNA in the R/L body halves may create a R/L asymmetric mirror image homochiral body structuring. This phenomenon may provide an explanation for the always use of L-handed amino asides in protein synthesis.

Directionality in DNA Replication

The DNA is synthesized in the 5'- 3' direction in replication. The leading strand is synthesized easily since its direction is the same as DNA polymerase direction.

The lagging strand synthesized discontinuously and slowly in small segments because its direction is opposite to the 5' to 3' synthesis direction. The difficulties of performing molecular functions in the opposite direction are seen in the DNA replication.

Transcription and translation mechanism and dual opposite directionality

Termination of protein synthesis occurs when a translating ribosome encounters one of three universally conserved stop codons: UGA, UAA, or UAG. Release factors recognize stop codons in the ribosomal A site to mediate release of the nascent chain and recycling of the ribosome. Bacteria decode stop codons using two separate release factors with differing specificities for the second and third bases. By contrast, eukaryotes rely on an evolutionary unrelated omnipotent release factor (eRF1) to recognize all three stop codons. The molecular basis of eRF1 discrimination for stop codons over sense codons is not known. (1)

The use of uracil instead of thymine in transcription may be very important.

mRNA might be oriented in the reversed mirror image of each other in the R/L part of the body. When mRNA might be positioned as L-directional on the L part of the body and it must be in R-directional position on the R- body part.

The opposite direction also exists between codon-anti-codon and mRNA and template strand. The codon-anticodons and the opposite orientation of the mRNA to the template strand appear to mimic the position of the DNA strands. Also, mRNA and tRNA are positioned in opposite directions for their functions. In the right body half, if mRNA is positioned in the ribosome in 5-3 directional from right to left, In the other half of the body, the mRNA can be positioned in the ribosome from left to right as 3-5 directional. This reverse positioning of the mRNA in the ribosomes R/L body parts may ensure to build the L-handed amino acids in the R/L body parts in reversed mirror-image positions of each other. The mirror image reversed localization of the DNA and L-amino acids in the R/L body halves may build a R/L asymmetric homochiral body structure

If mRNA is in the ribosome in the R-half of the body in the 5-3 direction, it should be in the ribosome in the L-half of the body in the 3-5 direction. In other words, mRNA must be in the opposite directional position of each other in the R/L body parts. The leading strand may be dominant in DNA functions. The leading strand orientation and position may be in reverse mirror images of each other in R/L body parts. mRNA can be transcribed from the leading strand in both R/L body parts. Figure 5. The mRNA is in the opposite direction from the template strand and in the same direction as the copied strand. The codons and anti-codons are oriented opposite each other and mimicking DNA strands position.

Left-hands palmar side

L-hand palmar side and reversed mirror image positions of the L-hand palmar side in the R/L body parts. L-handed amino acids and proteins may be positioned reversed mirror image in the R/L body parts. The left gloves or hands can be placed on top of each other in the same direction easily and L- amino acids might be positioned in peptide strands like this way. All amino acids and proteins in the R/ L body parts are L-handed but their directions may change oppositely in R/L- body parts. On the right side of the body, L- amino acids can be in the L-handed and R-directional position. They can be in the L-handed and L-directional position in the L-body part. L-handedness of the amino acids has not changed, but the directions have changed in the opposite direction. Such a localization must be necessary for the building of homochiral R/L body asymmetric structuring as mirror image.

Left glove can be thought of as if the L- hand. Objects with the same handed and directional can be easily sequenced on top of each other. The L- gloves can be placed on top of each other in the same direction easily. L-handed amino acids can be sequenced in the same direction and L-handed position in the peptide chains. Ribosomes can position the L-handed amino acids in L-handed L-directional in the L half of the body and in the L-handed R orientation in the R half. Figure 6. Because of the reversed position of the mRNA in R/L body parts, the ribosome machinery may arrange and locate the L-amino acids in the R and L- body parts in the reversed mirror-image positions of each other together with chemical bonds.

Evolution may have achieved the R-DNA and L- amino acids position reverse mirror image of each other location in the R/L body parts. It is not possible for both L/R body parts to be the same oriented in the same positions in body. That is, both body halves cannot be right-directional or left-directional. If this stage had not occurred in the evolutionary process, there could have been many livings species structure that remained at a level like the R-L handed structuring of snails separately. The mirror image reversed localization of the R handed DNA and L-handed amino acids in the R/L body parts may have to create a homochiral body structuring as mirror image in living things.

References

(1)Alan Brown, Sichen Shao, Jason Murray, Ramanujan S Hegde , V Ramakrishnan. Structural basis for stop codon recognition in eukaryotes. Nature. 2015 Aug 5;524(7566):493–496. doi: 10.1038/nature14896. . Author manuscript; available in PMC: 2016 Feb 27.

Etiketler: The mirror image reversed localization of DNA in the R/L body halves may create a R/L asymmetric mirror image body structuring Mechanisms of using L-R handed amino acids in protein synthesis

A different perspective on the positions and orientations of R-handed DNA and L-handed amino acids in cells of the right and left body parts

A different perspective on the positions and orientations of R-handed DNA and L-handed amino acids in cells of the right and left body parts

The right and left body halves of the cat are different. In all cats, the right and left body halves are still different, but not as distinct as the cat in the picture. In all animals and humans, the right and left body parts are not completely symmetrical and are different. It should be difficult to explain these differences by the genes being dominant or recessive. This difference may be due to the location and position of the same genes in the right and left halves of the body, which are reverse mirror images of each other.

The handed structure of molecules or objects cannot be changed without any external intervention, but their directional positions can be changed. Right gloves or hands are always R-Handed, when rotated 180 degrees, their directional positions can be changeable in the opposite direction.

R-handed DNA and L-handed amino acids may be in reversed mirror image positions of each other in the cells of the right-left body parts. Reversed mirror-image localization of the R-handed DNA and the L-handed amino acids on the right and left parts of the body cells may ensure of building R/L body homochiral asymmetric structure. This model may also explain why left-handed amino acids are always used in the protein synthesis of living structures.

In 1848, French chemist Louis Pasteur discovered that some molecules essential for life exist in mirror image forms, much like our L and R- hands. Today, we know biology chooses just one of these “chiral” forms: DNA, RNA, and their building blocks are all right-handed, whereas amino acids and proteins are all left-handed. (1)

The R -hand or R-glove always have R-handed and its structure and handedness cannot be changeable, but directional positions can be changed.

When explaining chirality, the chiral structure of our R/L hands is one of the most frequently used examples. In the mirror, we see our R- hand as if it were our L- hand, but what we see is our R- hand. The direction of the R- hand in the mirror has changed, but R-handedness cannot change. The similarity between molecular chirality and multicellular chirality is the best demonstrated by our R/L hands.

(1)When the R/L hands rotate 180 degrees, the directions change oppositely but the handedness does not.

(2)R-hand palmar side and the mirror image reversed position of R -Hand palmar side. When the R-hand rotated 180 degrees in the same plane, directions have changed but the R-handedness cannot change.

If we extend our hands forward with palms facing down, the R-hand thumb points to the L-direction, and the L- thumb points to the R-direction. When the palms are open upwards, the R-hand thumb points to the R- direction, and the L- thumb points to the L-direction. (Figure 1) R/L handedness does not change but the directions change oppositely. The palmar side of the R-hand may be likened to the localization where base pairs are attached to the backbone of DNA formed by sugar-phosphate molecules. (Figure 2)

Here, the mechanism of opposite directional asymmetric homochiral structuring in living things has been tried to explain.

Figure3. All the hands are palmar side of the R- hand in this figure. The two hands at the top of the figure points mirror image in reversed position of DNA in R/L body parts. The leading strand is blue, and the lagging strand is red. R- blue hand thumb and L-red hand thumb point to strands directions in the L/R body parts and they show directional changing of the strands.

Bilateral homochiral asymmetrical structuring in animals

Although several theories have been proposed, the biophysical mechanisms underlying LR asymmetry are still unclear, especially the role of cell chirality, the LR asymmetry at the cellular level, on organ asymmetry. (4) In multicellular organisms, cell properties, such as shape, size and function are important in morphogenesis and physiological functions. Recently, 'cellular chirality' has attracted attention as a cellular property because it can cause asymmetry in the bodies of animals. (5)

Homochiral molecules are always in a single-handed form as R-handed DNA and L-handed amino acids in living things structures.

The most important building blocks in living things are L-amino acids and proteins. They build the body according to the DNA genes expression. The DNA and L-amino acids position and orientation in the cell nuclei of the R/L- body parts might be in a reversed mirror image position of each other. (Figure 3) If the DNA is the R-handed-R-directional in the R- body half, it may be R-handed and L-directional positioned due to the 180-degree rotation in the L- body half. In this position and orientation, same genes expression may be a bit different in the R/L body parts of the body. This orientation and location model can be able to build R/L asymmetric homochiral body structuring.

Figure 4. Bilateral homochiral positions of organs and cells in the human body. Everything in living things is built by R-handed DNA and L-handed proteins. The red arrows symbolize the direction of the organs on the R- half of the body parts. All the organs are R-handed - L-directional on the R-body part and on the L- body part, they should be L-handed and R-directional.

All the dual organs in the R/L body parts must be homochiral structures, just like our hands. They are positioned as mirror images of each other in the R/L body parts. The direction and position of the organs is opposite to the body part direction where they are located. R- kidney points to the L-direction and the L- kidney points to the R-direction. The possible direction of the cells in the R/L body parts is also shown on this figure. R- brain controls the L-half of the body, while the L-brain- controls the other side. This location pattern may create a polarity difference between the R/L brains and can facilitate brain’s function. Reverse mirror image positioning of all the genes and L-amino acids in the R/L body parts might create a homochiral body structuring as mirror image of each other. Bidirectional opposing homo chiral structuring can be a basic rule of advanced being alive.

The human body appears anatomically as a bilateral structure where the R / L half of the body meet at the exact midline. R/L - hands are homochiral structures but also R/L- brain hemispheres, eyes, lungs, kidneys, testis, ovaries and foots are also homochiral. The R/L body half parts are homochiral mirror images of each other, like our L /R hands but not completely symmetrical. All the cells, tissues, and organs in the R/L body parts except for single organs must be homochiral structured mirror image of each other like our hands. Figure 4. There may be specific genes for single structured organs like liver and spleen.

All the structures in the L- body half can be R-handed and R-directionality and on the R-body half, R-handed and L-directionally .All the sperms produced in the R-testicle should be R-handed L-directional and those in the L-testicle sperms should be R-handed R-directional, like the positions of the palmar sides of our R/L hands .Figure4. The same position may be valid for the ovum.

The basic body plan of the mammalian embryo is established through gastrulation, a pivotal early post implantation event during which the three major germ layers (endoderm, ectoderm, and mesoderm) are specified with cellular and spatial diversity. Despite its basic and clinical importance, human embryo development from peri-implantation to gastrulation remains shrouded in mystery. (6)

R-handed and L-handed snail shells would be a good example of a type of one handed -chirality or directionality: they are different creatures, and the R-handed ones are more numerous. Homochiral structuring in embryonic development may have begun with the first division of the zygote. One of the two blastomeres formed in the first division of the zygote may be in a position and location like the R-handed -snail position while the other may be in a reversed mirror-image position of the R-handed snail. Blastomeres might be positioned and located in the reverse mirror image of each other in zygote first division.

Until about the ninth-tenth week of embryonic development, the R /L- body parts may have been created as separately and in opposite directions by the relevant genes, like the R-handed snails.

Later, they may merge at the midline as mirror image of each other and form R/L homochiral body structuring of fetus in three months.

Evolution might be managed to combine the R-handed structures of snails as reverse mirror images of each other in advanced living things in R/L body parts.

Reversed mirror-image spatial orientation of each other of R-handed DNA and L-amino acids on the R and L- parts of the body may ensure building R/L body homochiral structuring and explain why only L-handed amino acids are always used in protein synthesis.

Directionality in DNA Replication

The DNA is synthesized in the 5'- 3' direction in replication. The leading strand is synthesized easily since its direction is the same as DNA polymerase direction.

Transcription and translation mechanism and dual opposite directionality

In the simplest sense, expressing a gene means manufacturing its corresponding protein, and this multilayered process has two major steps. In the first step, the information in DNA is transferred to a messenger RNA (mRNA) molecule by way of a process called transcription. During transcription, the DNA of a gene serves as a template for complementary base-pairing, and an enzyme called RNA polymerase II catalyzes the formation of a pre-mRNA molecule, which is then processed to form mature mRNA. The resulting mRNA is a single-stranded copy of the gene, which next must be translated into a protein molecule. A gene is expressed through the processes of transcription and translation. (7) During translation, which is the second major step in gene expression, the mRNA is "read" according to the genetic code, which relates the DNA sequence to the amino acid sequence in proteins. Each group of three bases in mRNA constitutes a codon, and each codon specifies a particular amino acid (hence, it is a triplet code). The mRNA sequence is thus used as a template to assemble—in order—the chain of amino acids that form a protein. (7)

Nucleosome positioning is a key factor for transcriptional regulation. Nucleosomes regulate the dynamic accessibility of chromatin and interact with the transcription machinery at every stage. (8)

The genetic code is degenerate. Except for two amino acids (Met and Trp), all other amino acid residues are each encoded by multiple, so-called synonymous codons. (9)

Figure 5. The mRNA might be oriented in the reversed mirror image of each other in the R/L part of the body. When mRNA might be positioned as L-directional on the L part of the body and it must be in R-directional position on the R- body part.

Transcription has a mechanical component, as the translocation of the transcription machinery or RNA polymerase (RNAP) on DNA or chromatin is dynamically coupled to the chromatin torsion. This posits chromatin mechanics as a regulator of eukaryotic transcription; however, the modes and mechanisms of this regulation are elusive. (11)

There may be a directional mechanical mechanism in transcription that recognizes the molecules shape and automatically quickly locates it in the appropriate position, together with RNA polymerase and other transcription factors.

The use of uracil instead of thymine in transcription may be very important.

Figure 6.L-hand palmar side and reversed mirror image positions of the L-hand palmar side in the R/L body parts. L-handed amino acids and proteins may be positioned reversed mirror image in the R/L body parts. The left gloves or hands can be placed on top of each other in the same direction easily and L- amino acids might be positioned in peptide strands like this way. All amino acids and proteins in the R/ L body parts are L-handed but their directions may change oppositely in R/L- body parts. On the right side of the body, L- amino acids can be in the L-handed and R-directional position. They can be in the L-handed and L-directional position in the L-body part. L-handedness of the amino acids has not changed, but the directions have changed in the opposite direction. Such a localization must be necessary for the building of homochiral R/L body asymmetric structuring as mirror image.

Discussion

Chirality may be Universal. Everything from subatomic particles to galaxies can be have “dual opposite directional and polarized, chiral asymmetrical structures". Homochiral, chiral, and handed structures can be analyzed not only in terms of isomeric properties, but also at macro molecular levels localization, positions, and directionality. Any type of dual configuration, directional or opposite directional, may be related to chirality at various levels.

The Milky Way and Andromeda are spiral galaxies. Venus and Earth have similar masses, and Venus rotates in the opposite direction. They may have a kind of chirality.

The directional medications used in treatment may have some different effects due to the opposite orientations of the R and L- half of the body. The best example of the importance of directionality in chiral molecules is thalidomide which has two enantiomers. The (S)-enantiomer is teratogenic (R)-enantiomer is used in medical treatments. D-glucose is used as an energy source in living things, but L-glucose cannot be used. Directional positions of molecules may be an important part of the molecular recognition mechanism.

The R-handed DNA virus genome is in the form of double-stranded DNA (dsDNA) or single-stranded DNA (ssDNA). Over hundreds of millions of years of evolution, one of the DNA virus genomes that is randomly coiled into a half-circle in a prebiotic environment may encounter another DNA half-circle virus genome that is coiled in the opposite direction, creating the prototype of a bacterial genome that is in the shape of a circle.

The development of millions of bacteria species in different areas, their relationships with other bacteria and their evolution, especially the formation of mitochondrial DNA, may be a process of billions of years in the transition to multicellular organisms.

Some bacterial genomes may have begun to mimic the structure of DNA strands at small sizes, by being fragmented from time to time by internal and external factors and by positive mutations. The coincidental positioning of small strands, both right-handed, in opposite directions together with R-handed RNA and bases may be the first seeds of eucaryotic cells.

References

1. Robert F. Service. Breakthrough’ could explain why life molecules are left- or right-handed. Experiments suggest magnetic materials skewed early biomolecules. Science chemistry. 13 Jun 2023. Science, Vol 383, Issue 6686.

2. Pablo G. Debenedetti. Emergence of homochirality in large molecular systems. Princeton University, Princeton, NJ. January 11, 2021, 118 (3) e2012741118 https://doi.org/10.1073/pnas.2012741118

3. Leslie A. Pray, Ph.D. Discovery of DNA structure and function: Watson and Crick. Citation: Pray, L. (2008) Nature Education 1(1):100

4. Poulomi Ray, Amanda S. Chin, Kathryn E. Worley, +3, and Leo Q. Wan. Intrinsic cellular chirality regulates left–right symmetry breaking during cardiac looping. November20,2018,115(50)E11568E1157.https://doi.org/10.1073/pnas.1808052115

5. Hiroaki Yamanaka 1, Shigeru Kondo. Rotating pigment cells exhibit intrinsic chirality. Genes Cells. 2015 Jan;20(1):29-35. doi: 10.1111/gtc.12194. Epub 2014 Oct 27.

6. Jinglei Zhai1∙ Zhenyu Xiao. Yiming Wang, Hongmei Wang. Human embryonic development: from peri-implantation to gastrulation. TrendsCellBiol.2022 Jan;32(1):18-29. doi: 10.1016/j.tcb.2021.07.008.Epub 2021 Aug,17

8.Malte Sahrhage, Niels Benjamin Paul, Tim Beißbarth , Martin Haubrock.The importance of DNA sequence for nucleosome positioning in transcriptional regulation. 2024 Jun 3;7(8):e202302380. doi: 10.26508/lsa.202302380

9. Anton A Komar. The Yin and Yang of codon usage. Review ,Hum Mol Genet . 2016 Oct 1;25(R2): R77-R85. doi: 10.1093/hmg/ddw207. Epub 2016 Jun 27. Nature

10. Alan Brown, Sichen Shao, Jason Murray, Ramanujan S Hegde , V Ramakrishnan. Structural basis for stop codon recognition in eukaryotes. Nature. 2015 Aug 5;524(7566):493–496. doi: 10.1038/nature14896. . Author manuscript; available in PMC: 2016 Feb 27.

11.Sumitabha Brahmachari , Shubham Tripathi , José N Onuchic , Herbert Levine. Nucleosomes play a dual role in regulating transcription Dynamics. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Jul 9;121(28): e2319772121. Doi 10.1073/pnas.2319772121. Epub 2024 Jul 5

Etiketler: A different perspective on the positions and orientations of R-handed DNA and L-handed amino acids in cells

drenginsayınblogspot.com